本學院依據學院教師專長，以及國家發展科研重點與世界發展趨勢，規劃「水生生物生理生態與生物多樣性」、「魚蝦貝類病理」、「環境適應和內分泌調控」、「水域生物技術」、「水產繁養殖」、「食品科學、食品加工與食品安全」、「資源利用與水產活性物質開發」7項研究方向。
本學院設有生物技術教學與研究中心（院級）、陸生動物實驗中心（院級）、水生動物實驗中心（系級）、電子顯微鏡教學中心（系級）等附屬教學單位，提供學生實際操作及實習，以及食品工業研究與服務中心、水產品產銷履歷驗證暨檢驗中心等系級單位。
