本學院院本部由院長、副院長，以及2位行政人員組成，綜理學院行政及教學事務，以及兼辦海洋生物科技博士學位學程、海洋生物科技學士學位學程2學程業務，另外尚有承辦校級單位「漁業推廣委員會」業務，漁推會肩負推廣漁業與教育漁民的工作，是學校、產業界、漁會與漁業現場聯繫的重要單位。
為提昇研究能量及教學品質，特聘請6位具有卓越學術地位或重大研究成就的知名學者專家擔任本學院講座教授，協助授課或傳承授課經驗，或領導大型研究計畫。期望借重講座教授的經驗與研究長才，為本學院注入更豐富的元素。
